В конце первого учебного года заканчивались и полномочия Пухальского. Согласно уставу, проведены были выборы нового директора. Кандидатура Глиэра, выдвинутая одним из руководителей РМО, Ю. Л. Давыдовым (племянником Чайковского), получила единодушную поддержку всего коллектива консерватории. 3 июня 1914 года решением Ученого Совета Глиэр стал директором Киевской консерватории. Узнав об этом событии, сын издателя Б. П. Юргенсон писал композитору: «За самую консерваторию можно во всяком случае порадоваться—в лице Вашем ее судьба в верных руках!» Со всем присущим ему пылом Глиэр принялся за работу.
6 июня многие киевские газеты опубликовали изложение его беседы с представителями прессы. Глиэр сообщил, что главной задачей, решением которой намерен заняться возглавляемый им Художественный совет консерватории, является приобщение Киева к современной музыкальной культуре. Чтобы поднять уровень музыкального образования, состав преподавателей и профессоров консерватории значительно расширится. Максимальное внимание будет уделяться общеобразовательным дисциплинам (сольфеджио, элементарной теории, гармонии), откроется класс органной музыки, преподавать в котором приглашен органист лютеранской кирхи Ульпе, и так как консерватория не располагает еще своим органом, занятия будут проходить в кирхе. Расширится класс оперного пения. При этом Глиэр напомнил, как еще Рубинштейн утверждал, что оперные певцы должны выходить из Киева, где сама природа способствует хорошему развитию голосовых средств.
Глиэр считал, что Киев может и должен стать одним из крупных музыкальных центров страны, а для этого Киевская консерватория в своем развитии должна равняться на столичные, где не только дают фундаментальные профессиональные знания, но используют все возможности для воспитания всесторонне образованных музыкантов-артистов. Киевская консерватория, сообщил Глиэр, намерена в будущем систематически давать симфонические концерты силами учеников и преподавателей, для чего будет реформирован студенческий оркестр. Следующим этапом станут оперные спектакли.
Вот такие грандиозные планы перестройки наметил Глиэр. Перейдя от творческих дел к бытовым, Глиэр сказал, что консерватории необходимо новое помещение с хорошим концертным залом, что он уже посетил городского голову и просил о выдаче городом субсидии в добавление к тем деньгам, которые ранее удалось собрать среди состоятельных жителей Киева.
Вскоре Художественный совет выработал новую учебную программу, которую с просьбой просмотреть Глиэр послал в Петербург Глазунову и в Москву Ипполитову Иванову. Получив замечания этих двух опытных руководителей высших музыкальных учебных заведений, Глиэр доработал программу, хотя, нужно сказать, у него было уже достаточно четкое собственное представление о том, как надлежит строить учебный процесс, и далеко не со всеми замечаниями он соглашался. Так, например, Глазунов был против того, чтобы делить на курсы программу того или иного предмета. Глиэр же считал, что такое деление вносит определенный порядок в систему преподавания, дает возможность ежегодно контролировать успехи студентов.
Как педагог Глиэр решил не довольствоваться классом композиции, где, кстати сказать, заметно прибавилось учеников, в частности принят был Б. Н. Лятошинский, ставший впоследствии близким другом Глиэру. Рейнгольд Морицевич взял на себя еще руководство классами оркестрового и камерного ансамбля, а также, как ни покажется это на первый взгляд странным, оперным классом.
Директор консерватории, руководитель нескольких классов, известный композитор, великолепный знаток камерно-инструментальной музыки, готовый как альтист всегда принять участие в ее исполнении, дирижер — Р. М. Глиэр, конечно, сразу же был введен в состав Художественной комиссии РМО. Туда входили также Беклемишев, Пухальский и Рыб. Таким образом, группе ведущих профессоров консерватории во главе с Глиэром, помимо руководства учебным процессом, воспитания артистической молодежи, доверена была и организация музыкальной жизни города. Поэтому, чтобы не упустить время, одновременно с составлением учебной программы Глиэр и его коллеги трудились и над выработкой плана камерных и симфонических концертов РМО, стараясь значительно расширить репертуар. Когда все было готово, остававшиеся до начала учебного года несколько недель Глиэр провел в концертной поездке.
Свою исполнительскую деятельность теперь он уже рассматривал не просто как нечто эпизодическое, а считал одной из неотъемлемых частей своей художественной жизни. Он впервые появился в Баку, концертировал в Екатеринославе, Феодосии. Репертуар его еще не был обширен. Вначале он играл Первую или Вторую свою симфонию, потом сочинения Рахманинова, Саца, иногда небольшие оркестровые пьесы Крыжановского и Николаева. Если случалось заполучить солиста (так было в Баку), охотно дирижировал скрипичным концертом Глазунова.
В Одессе, гостеприимно встретившей композитора год назад, кончался маршрут поездки. Но здесь Глиэра настигло сообщение о начале первой мировой войны. Объявлена была мобилизация. Намеченный концерт пришлось отменить. Выехать из города было не просто: железная дорога стала работать в основном на военные нужды. Но как только Рейнгольду Морицевичу представилась такая возможность, он возвратился в Киев и сразу же стал организовывать концерт в пользу санитарного отряда, который был проведен в Большом зале Купеческого собрания в сентябре 1914 года. Несколько позже (2 января 1915 года), зная доброе сердце Танеева, Глиэр писал ему: «Может быть, Вы не откажетесь выступить в этом полугодии в камерном собрании Музыкального общества, которое мы устраиваем в пользу раненых... Я, да и все киевские музыканты были бы очень счастливы увидеть и услышать Вас в Киеве. Я лично очень желал бы с Вами повидаться, посоветоваться, поговорить о консерваторских делах».