В период между 1781 и 1791 гг. им написаны были последние оперы: зингшпиль «Похищение из сераля» (1772), две веселые оперы — «Свадьба Фигаро» (1785) и «Дон-Жуан» (1787), «Все они таковы» («Cosi fan tutte») (1790) (на тексты венецианского поэта Дапонтэ), серьезная, большая опера «Тит-милостивец» (1791) и опера-сказка «Волшебная флейта» (1791).
Из них только «Волшебная флейта» имела безусловный успех. «Свадьба Фигаро» и «Дон-Жуан» не могли утвердиться в Вене, отчасти вследствие интриг враждебной ему «итальянской» партии.
Последние годы жизни Моцарта протекают в условиях некоторого улучшения политической обстановки в Австрии. Многочисленные крестьянские восстания толкнули правительство на решительные меры в деле ограничения прав помещиков на крестьянские земли, меры, вызвавшие оппозицию дворянства и чиновничества. Несомненно, что Моцарт подвергся воздействию передовых политических идей того времени: выбор текста «Свадьбы Фигаро» для оперы, ряд высказываний в его письмах свидетельствуют об этом. Последней моцартовской работой был «реквием», законченный его учеником Зюсмайером. Моцарт скончался 5 декабря 1791 г., в дни революционных событий, потрясших Францию, при странных явлениях, не исключающих возможности его отравления.
Творческая энергия, проявленная им за короткую жизнь (он умер 36 лет от роду), изумительна. Ему приписывается 754 музыкальных произведения, из коих 132 не совсем достоверны. Из 622 произведений, безусловно ему принадлежащих, 26 еще не найдены. Список сочинений Моцарта заключает в себе 40 симфоний (первая написана в 1764 г., последняя — в 1788 г.), 20 опер, 31 дивертисмент, серенад и «кассаций» для оркестра, большое количество маршей и танцев и других мелких оркестровых пьес, 25 клавирных концертов, 15 концертов для других инструментов, 5 концертов для нескольких сольных инструментов, 26 струнных квартетов и ряд других для разных составов, 9 квинтетов, 8 клавирных трио, 42 струнные сонаты, 42 скрипичные сонаты, 5 сонат для фортепиано в четыре руки, 17 фортепианных сонат, 15 клавирных вариаций и рондо, 17 сонат-трио с аккомпанементом органа, 15 сонатных частей для органа и множество других пьес для различных инструментов. Кроме того, им написано огромное количество культовой музыки: оратория «Davidde penitente», 15 месс, реквием и много другой музыки для различных церковных служб, две франкмасонские кантаты. Наконец, его перу принадлежит много концертной вокальной музыки — около 40 арий для различных голосов, 34 песни для голоса и клавира, комический терцет с клавиром, 22 многоголосных канона.
В лице Моцарта мы имеем дело с композитором, одинаково легко владевшим всеми родами музыки, созданными до него, и праздным был бы спор о том, в какой из этих областей он проявил себя ярче всего. При удивительной легкости письма он отличается некоторой податливостью чужим влияниям и иногда нарочно пользуется масками чужого письма. Однако все же он был человеком столь непосредственного стихийного музыкального дара, что с этими, несильными впрочем,, элементами пассивности он соединяя полнейшую свежесть своего таланта, музыкального вдохновения. В то время как Гайдн до 1791 г. (год кончины Моцарта) жил исключительно в Австрии и по контракту обязался не публиковать своих симфоний, написанных для князя Эстергази, Моцарт с ранних лет разъезжал по всей Европе, в надежде на мировую славу эксплуатируя свой творческий и исполнительский гений. Этим отчасти объясняется стилистическая гибкость произведений Моцарта, обслуживавшего различные большие европейские центры и применявшегося к различным вкусам.
Интересно проследить постепенное вызревание художественной самостоятельности Моцарта, хотя бы на его симфониях. В первых симфониях, написанных им в раннем детском возрасте, содержатся отголоски на музыку наиболее популярных авторов тех стран, которые ему пришлось посетить. Медленная часть его первой симфонии, сочиненная после пребывания в Париже, явно подражает популярному «мангеймцу» Шуберту (жившему в Париже 1720—1767). Две следующие, «лондонские», свидетельствуют о сильном влиянии Иоганна Христиана Баха. В симфониях последнего периода, написанных в Вене, уже ясно заметно воздействие гайдновских приемов.
Величайшей художественной зрелости Моцарт достиг в последние годы своей жизни, а именно в семи симфониях, и апогея достигает летом 1788 г. в трех больших симфониях Es-dur, g-moll, C-dur («Юпитер»). Из них наиболее смелая — последняя, где в финале проводится соединение сонатной формы с фугой (принципиально сходна с нею и увертюра к «Волшебной флейте»). Кроме этих, хорошо известных всякому любителю, трех последних «больших» симфоний, Моцартом написаны еще 38. Почти все они заслуживают большего внимания, чем то, которое им обыкновенно уделяется.